ويمتد مسار المرحلة الثالثة بالمشروع، بطول 17.7 كم وتشتمل على 15 محطة من العتبة حتى ميدان الكيت كات، تتفرع شمالًا إلى منطقة إمبابة وصولًا إلى الطريق الدائرى، وفرعه جنوبًا إلى المهندسين وبولاق الدكرور مارًا بشارعى وادى النيل وجامعة الدول العربية ثم تمتد إلى جامعة القاهرة.

ويجرى تنفيذ هذه المرحلة على ثلاثة أجزاء، الجزء الأول بطول 4 كم، يمتد من العتبة حتى الكيت كات، وتشتمل على عدد (4) محطات نفقية وهى "ناصر - ماسبيرو - صفاء حجازى - الكيت كات"، وهو الجزء الذى تم تشغيله  أمام حركة الركاب أكتوبر الماضى.

ويمتد الجزء الثاني بطول 6,6 كم من محطة الكيت كات حتى المحطة النهائية عند محور روض الفرج وتشمل على 6 محطات [محطة نفقية ( السودان ) وعـدد 4 محطات علوية ( إمبابة - البوهي – القومية العربية – الطريق الدائري) ومحطة سطحية ( المحطة النهائية عند محور روض الفرج ).

أما الجزء الثالث، فيمتد بطـول 7.1 كم من محطة الكيت كات حتى جامعة القاهرة وتشمل 5 محطـات [3 محطـات نفقيـة (التوفيقية – وادي النيــل – جامعـة الـدول) ومحطة علوية (جامعة القاهرة) ومحطة سطحية(بولاق الدكرور).