وتشمل أعمال المرحلة الثانية، البدء في الحوض الثاني والذي يشمل (أرصفة بأطوال 1650 م - حاجز أمواج غربى بطول 1200 م، وحاجز أمواج شرقى بطول 1100 م - ساحات ومخازن بمساحة 769 م2 ويعقب تنفيذ الحوض الثاني تنفيذ أعمال الحوض الثالث الذي يشمل (أرصفة حاويات بأطوال 3200 م بغاطس 17م ). 

جدير بالذكر أنه تم بدء عمل ميناء العريش البحرى كميناء تجارى إعتباراً من عام 1996 بمساحة 50 فدان منهم 145 الف م2 مساحات تخزينية وأرصفة كالآتى (رصيف بطول 242 م وغاطس 7.5 م - رصيف بطول 122 م وغاطس 5 م - عدد ( 2 ) سقالة لخدمة سفن الصيد بغاطس 4 م، وان الميناء إستخدم منذ نشأته فى تصدير منتجات شمال وجنوب سيناء خاصة المنتجات المعدنية وكذلك إستقبال الواردات من البضائع العامة .